Os arquivos XMLs das notas fiscais transmitidas ficam no seguinte endereço:
C:\nfe-app\nfe\arquivos\procNFe
Dentro desta pasta, separado por mes ano, ficam todos os arquivos XML validados e transmitidos.
Lembre-se de sempre fazer backup desta pasta.
Veja o vídeo tutorial no Youtube: http://www.youtube.com/watch?v=wwRqiO15vjs